Seeking a Research Scientist, a Technical Scientist or a Technical Staff [DP] : Yokohama City, Japan

Employer:

LSA System Development Unit, LSA System Development Group, Omics Science Center, Riken (Unit Leader: Jun KAWAI)

Website:

http://www.osc.riken.jp/english/

Location:

Yokohama City, Japan

Type:

Staff Scientist

Posted:

May 12, 2011

Expires:

July 07, 2011

Jobs by tag(s):

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Requisition number:

None

Science jobs from LSA System Development Unit, LSA System Development Group, Omics Science Center, Riken (Unit Leader: Jun KAWAI): job description

Area of Research

The Omics Science Center aims at constructing a methodical system that enables a rapid explication of molecular networks, the Life Science Accelerator (LSA).
A key part of the LSA System Development Unit is the commercial service group called the Genome Network Analysis Service (GeNAS). The GeNAS provides sequencing and data processing in the domains of genomics, epigenomics and transcriptomics using the Cap Analysis Gene Expression (CAGE) technology with the purpose to support life-science research, both inside and outside Japan. We treat customer requirements, provide consulting and propose experimental designs for applications using Next-Generation sequencers. The results are reported to our customers after sample preparation, sequencing and data processing, in a framework in which quality is the keyword.
We are standardizing the CAGE-based technologies developed by researchers at the Omics Science Center for large-scale applications, and support vendor sequencing protocols (genome resequencing,RNA-seq, ChIP-seq). We promote the usage of high-throughput next-generation sequencers by offering customized service and high-quality data to the scientific community in research, medicine as well as in industry).
Among other domains, we are currently developing support for personal genome studies and drug discovery.
The GeNAS team is offering the latest sequencing technologies as a service and keeps tight connection with the research world to guarantee that its customers (both in research and industry) can make the best of their data. [for more details, please refer to the OSC website :http://www.osc.riken.jp/english/]

Available Position

One or two openings for a Research Scientist, a Technical Scientist or a Technical Staff.

Job Description

[content of the work]
•Overall Bioinformatics work in the GeNAS Data Processing Section.
•Support the bioinformatics and data analysis activities of the GeNAS sequencing facility (high-throughput sequencing)
•Communicating with the GeNAS customers (construct the experimental design based on the customers requirement, explain about the analysis plan, establish and execute analysis plan, report results)
•Contribute to the introduction of data processing pipelines when new sequencers are acquired, and to the definition and improvement of standard deliverables for the technologies available in the facility
•Learn “know-how” of data analysis process from the current OSC bioinformatics researchers

Research Scientist:
You carry out the research themes of the unit. You give guidance to Postdoctoral Researchers and Technical Staff when necessary.

Technical Scientist:
Oversees and provides guidance to Technical Staff and engages in technological development.

Technical Staff:
Provides technical support for the assigned project.

Qualifications

Requirements for all positions

•Must be familiar with high-throughput data analysis. (*)

*has a strong understanding of biostatistics and skills for using R, SQL.
*has skills for using web bioinformatics resources (e.g. NCBI, UCSC).
*has skills for using programming languages (Java, Perl).
*has strong understanding for aligners, visualization tools.
*has skills for using the Linux (our main platform. The report will be done by MS-Office tools).

•Able to work in both English and Japanese (oral Japanese language skills would be a strong plus but not decisive asset). If you have an experience working in an international environment it is a strong plus.
•If you have some experience with customer support, it is a strong plus.
•Able to work positively and autonomously for the assigned task.
•Able to communicate smoothly with the related people (Both Japanese and Foreigners) and can work with cooperation.

Specific requirements for each position
[Research Scientist]
Must have a PhD in a related field of expertise(bioinformatics, morecular biology or cytobiology).
*In principal, the Ph.D. degree should be obtained more than 5 years ago.

[Technical Scientist]
Must be University Graduate in the field of expertise (bioinformatics, morecular biology or cytobiology) and have technical development knowledge and skills as well as sufficient experience.

[Technical Staff]
Graduate of a professional training school, junior college or university, with specialized knowledge of the technical support required for the group’s research projects.

Location

RIKEN Yokohama Institute, 1-7-22 Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama-shi, 230-0045 Japan

Contract Conditions

• The term of the contract shall be within one year until March 31, 2012.
RIKEN may renew the contract annually based on necessity and a performance evaluation, and if both parties agree to the conditions. A new contract will not be entered into after March 31, 2013.
• Salary is determined annually on the basis of employee experience, abilities and research results. Commuting and housing allowances will be provided and social insurance applies (health insurance, pension insurance, worker’s accident compensation insurance, unemployment insurance, etc.).
• Holidays: Saturdays and Sundays, Japanese National Holidays, year-end and New Year (Dec.29-Jan.3), summer holidays and RIKEN Foundation Day (4th Monday in October).
• Leave: Annual Paid Leave, Summer Leave, Special Paid Leave etc.
• Other provisions are in accordance with RIKEN regulations.

Required Documents and Deadlines

[Documents to submit]
(1)Curriculum Vitae (with photo).

*Indicate your e-mail address.
*Indicate the symbol[DP]and the [position] you are applying for on your CV (top right-hand corner).

(2)Personal Statement (A4 size 1-2 sheets)
(3)List of publications (if you have any)
(4)List of technical skills.
(5)A Recommendation Letter from your current direct supervisor (or from a third person when it is difficult to obtain a recommendation from the current supervisor).

*The Recommendation Letter should be addressed to “Director, OSC, RIKEN Yokohama Institute.”
*Please write “Omics Science Center application for [SV]” on the envelope.
*Application documents will not be returned.

[Deadline]
Until the position is filled

[Note on Handling of Personal Data]
All private data sent to RIKEN as part of an application for employment is handled in strict confidentiality, and the data is not utilized for any other purposes or disclosed to third parties.

Selection Process

Application screening and interviews.

Start of Employment

Earliest date possible (negotiable).

Inquiry / Contact address

Nana Tamura, Personnel Group [DP], Coordination Office
Omics Science Center, RIKEN Yokohama Institute
1-7-22 Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama-shi, 230-0045 JAPAN
E-mail: omics-recruit@gsc.riken.jp
*Any questions about this position should be sent to the above e-mail address.

Don't forget to mention Naturejobs when applying.

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Teste de medidas faísca de consciência

Os pesquisadores distinguir entre estados vegetativos e minimamente consciente.

Amber Dance

Pode ser difícil para os médicos a diferenciar entre estados vegetativos e minimamente consciente.MASSIMO BREGA, O Farol / Science Photo Library

A consciência não é tudo ou nada: algumas pessoas definham por meses ou anos em um estado mediano. Uma pessoa pode ter algum sentido e de interação com o mundo, ou poderia ser completamente inconsciente de seus arredores. Mas hoje emciência , os investigadores relatam um teste que pode distinguir entre os estados de consciência através de um simples eletroencefalograma (EEG) e um pouco de matemática¹ .

O teste sugere que a diferença fundamental entre os estados de consciência mínima e totalmente inconsciente coma não é a comunicação entre o córtex frontal - o planejamento, o pensamento parte do cérebro - o córtex temporal, onde os sons e as palavras são processados.

Os pesquisadores dizem que a técnica poderia ajudar os médicos a fazer diagnósticos mais precisos sobre a consciência, e melhor prever como o paciente vai se recuperar. Tendo esta informação extra pode ajudar as famílias a tomar decisões difíceis sobre os cuidados de um ente querido ou o fim da vida em casos como o de Terri Schiavo, que foi removido do suporte de vida em 2005, após vários anos em estado vegetativo.

Uma pessoa em estado vegetativo vai abrir os olhos de forma espontânea e fazer movimentos reflexivos, mas não tem nenhuma função cognitiva e, provavelmente, não sente dor. A recuperação é possível, mas as chances de melhora são muito reduzidos após um ano.

Alguém em estado minimamente consciente, ao contrário, tem respostas intencional, não-reflexiva, mas inconsistentes aos estímulos. Eles podem falar algumas palavras ou faixa a sua imagem num espelho, e sentem dor. A categoria só tem sido um diagnóstico oficial desde 2002, então a probabilidade de recuperação não é estabelecida, mas novamente ela decresce após um ano no estado.

"A linha entre os dois é bastante complicado para desenhar", diz Marta Garrido, um neurocientista da University College de Londres e co-autor do estudo. Mesmo quando uma equipe de médicos concordam em diagnosticar um estado vegetativo, têm-se mostrado errada mais de 40% do tempo em relação ao teste padronizado, a Escala de Coma de Recuperação ² .

Complementando o padrão-ouro

A Escala de Coma de recuperação é "padrão ouro" a atual, diz Melanie Boly, um neurocientista da Universidade de Liège, na Bélgica e outro co-autor do estudo mais recente. Os pacientes com pontuação na escala de base de que são capazes de comportamentos conscientes, como a fala e dirigiu o olhar.

Boly e seus colegas procuraram uma ferramenta biológica para complementar a escala comportamental. Eles usaram EEG para medir os sinais elétricos do cérebro de 8 pessoas em estado vegetativo, 13 em estados minimamente consciente e 22 participantes saudáveis. Os sujeitos foram jogados de uma série de tons que, ocasionalmente, mudou de tom. O tom diferente constituiu um acontecimento surpreendente no ambiente - algo que o córtex frontal tem que considerar, portanto, em todas as disciplinas do córtex temporal seria enviar o córtex frontal uma mensagem.

Em pessoas minimamente conscientes e saudáveis ​​no córtex frontal, então, enviar uma mensagem de volta para o córtex temporal. A razão para isto é incerto, podendo ser para deixar o córtex temporal saber o que esperar no futuro. Mas para as pessoas em estado vegetativo, a comunicação era unidirecional: sinais do passado temporal para a área frontal, mas não para trás.

Os pesquisadores têm tentado estudar a consciência com dados EEG antes, sem muita sorte, diz Nicholas Schiff, um neurologista do Weill Cornell Medical College, em Nova York. Os dados de EEG são medidos através do couro cabeludo, de modo a técnica proporciona melhor das hipóteses, uma aproximação fuzzy do que está acontecendo dentro do crânio.

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Garrido e seus colegas levaram a sua análise um passo adiante. Eles usaram um modelo de causalidade dinâmica, um método matemático desenvolvido por vários membros da equipe, para criar um modelo de computador mostrando o melhor palpite de que a atividade do cérebro interna poderia ter rendido o EEG. Os pesquisadores passaram vários anos, validando a técnica, mas é apenas um modelo.Uma experiência mais direta seria a utilização de eletrodos implantados no cérebro, talvez em estudos com animais, Boly sugeriu.

Schiff, porém, é cético quanto à utilidade do teste como ferramenta de diagnóstico. Com assuntos tão poucos, é impossível saber o quão bem o teste realmente funciona, diz ele. Garrido disse que o teste EEG não irá substituir a Escala de Coma de recuperação, mas poderia ser um complemento útil.

Schiff é o mais interessado no que os resultados do teste dizer sobre a consciência. Eles não implica necessariamente que a ligação entre as áreas frontais e temporais é a sede da própria consciência; os sinais que Boly e sua equipe observaram poderia simplesmente ser um marcador substituto para o que realmente distingue a mente consciente. Entretanto, a pesquisa não implica que este tipo de comunicação e similares no cérebro pode ser crucial para a consciência. 

• Referências

  1. Boly, M., et al . Science 332, 858-862 ( 2011 ).
  2. Schnakers, C., et al . Neurol BMC. 9, 35 ( 2009 )